Izumi Shinichi, usia 17 tahun, tinggal dengan kedua orang tuanya di Tokyo. Suatu malam, alien berbentuk seperti cacing menyerang Bumi, mengambil alih otak manusia dan masuk melalui telinga atau hidung mereka. Satu parasit berusaha masuk ke telinga Shinichi saat Dia tertidur, namun gagal karena earphone yang dipakainya, alien itu lalu masuk ke tubuh, dan mengambil alih tangan kanannya, setelah itu ia diberi nama Migi. Karena Shinichi berhasil mencegah Migi masuk ke otaknya, keduanya bisa mempertahankan pikiran dan sifat mereka. Saat mereka betemu dengan parasit lain, hubungan mereka bertambah erat, bekerja sama untuk bertahan hidup. Mereka ditakdirkan bertarung melawan parasit lain, yang bergantian menyerang karena mereka tahu bahwa Shinichi masih manusia. Shinichi terpaksa menghadapi parasit lain yang berusaha memakan manusia, dan membantu Migi.